中國(guó)科學(xué)院南京地理與湖泊研究所的前身系1940年8月在重慶北碚成立的中國(guó)地理研究所，是全國(guó)唯一以湖泊-流域系統(tǒng)為主要研究對(duì)象的綜合研究機(jī)構(gòu)，中國(guó)科學(xué)院院士黃秉維、任美鍔、周立三曾先后擔(dān)任過(guò)所長(zhǎng)。

　　研究所的戰(zhàn)略定位是開展自然和人文要素驅(qū)動(dòng)下湖泊-流域系統(tǒng)過(guò)程、格局及其相互作用與調(diào)控機(jī)理研究，為湖泊科學(xué)研究、湖泊資源合理利用、湖泊環(huán)境治理與生態(tài)保護(hù)以及區(qū)域可持續(xù)發(fā)展做出基礎(chǔ)性、戰(zhàn)略性和前瞻性貢獻(xiàn)。研究所將努力建設(shè)成為國(guó)際一流的湖泊科學(xué)基礎(chǔ)研究和高層次人才培養(yǎng)基地、國(guó)家湖泊資源利用與環(huán)境治理工程技術(shù)研究中心、經(jīng)濟(jì)發(fā)達(dá)地區(qū)可持續(xù)發(fā)展科學(xué)研究與決策咨詢中心。

　　研究所主要面向湖泊水環(huán)境治理與生態(tài)修復(fù)、區(qū)域可持續(xù)發(fā)展規(guī)劃與評(píng)估兩大應(yīng)用研究領(lǐng)域，重點(diǎn)發(fā)展物理湖泊與水文、湖泊生物與生態(tài)、湖泊沉積與環(huán)境演化、湖泊環(huán)境與工程、湖泊-流域過(guò)程與調(diào)控、流域資源與生態(tài)環(huán)境、區(qū)域人文經(jīng)濟(jì)地理和遙感與地理信息科學(xué)等八個(gè)學(xué)科方向�，F(xiàn)設(shè)有湖泊與環(huán)境國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中國(guó)科學(xué)院流域地理學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、湖泊野外觀測(cè)站(含太湖湖泊生態(tài)系統(tǒng)研究站、鄱陽(yáng)湖湖泊濕地觀測(cè)研究站、撫仙湖高原深水湖泊研究站、呼倫湖生態(tài)系統(tǒng)定位觀測(cè)研究站、天目湖流域觀測(cè)研究站和東非大湖與城市生態(tài)研究站)、湖泊-流域數(shù)據(jù)集成與模擬中心以及所級(jí)公共技術(shù)服務(wù)中心。

　　研究所現(xiàn)有在職職工282人。其中研究員及正高級(jí)工程技術(shù)人員48人、副研究員及高級(jí)工程技術(shù)人員80人。設(shè)有地理學(xué)博士后流動(dòng)站，地理學(xué)、環(huán)境科學(xué)與工程2個(gè)專業(yè)一級(jí)學(xué)科學(xué)位授予點(diǎn)，包括自然地理學(xué)、人文地理學(xué)、地圖學(xué)與地理信息系統(tǒng)、環(huán)境科學(xué)4個(gè)博士學(xué)位授予點(diǎn)和自然地理學(xué)、人文地理學(xué)、地圖學(xué)與地理信息系統(tǒng)、環(huán)境科學(xué)、環(huán)境工程、建筑與土木工程6個(gè)碩士學(xué)位授予點(diǎn)�，F(xiàn)有在站博士后20余人，在學(xué)研究生200余人。