中國科學(xué)院南海海洋研究所成立于1959年1月，是國立綜合性海洋研究機(jī)構(gòu)�，F(xiàn)有正高級人員115人，研究生導(dǎo)師183人。擁有院士3人，973計劃或國家重點研發(fā)任務(wù)項目首席科學(xué)家20人，國家杰出青年科學(xué)基金獲得者13人，中科院特聘研究崗位72人。國家基金重大項目2個、創(chuàng)新群體1個，擁有海洋科學(xué)、環(huán)境科學(xué)與工程一級學(xué)科博士學(xué)位授予點和博士后科研流動站、
重點研究熱帶邊緣海海洋水圈－地圈－生物圈圈層結(jié)構(gòu)及其相互作用特征與演變規(guī)律，探討其對資源形成和環(huán)境變化的控制和影響，發(fā)展具有南海特色的熱帶海洋資源與環(huán)境過程理論體系和應(yīng)用技術(shù)。以生態(tài)安全與綠色發(fā)展、海-陸-氣相互作用與環(huán)境安全、邊緣海與大洋板塊相互作用和環(huán)境保障為戰(zhàn)略主題，聚焦生態(tài)文明和海洋建設(shè)，著力突破海洋領(lǐng)域前沿科學(xué)問題和關(guān)鍵核心技術(shù)，力爭建成國際水平的熱帶海洋科學(xué)研究、人才培養(yǎng)、成果轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化三高地，從而為發(fā)展我國海洋經(jīng)濟(jì)和維護(hù)海洋權(quán)益做出基礎(chǔ)性、戰(zhàn)略性和前瞻性貢獻(xiàn)。
重點學(xué)科領(lǐng)域：熱帶海洋環(huán)境動力與生態(tài)過程、邊緣海地質(zhì)演化與油氣資源、熱帶海洋生物資源可持續(xù)利用與生態(tài)保護(hù)和海洋環(huán)境觀測體系及其關(guān)鍵技術(shù)。
設(shè)有熱帶海洋環(huán)境國家重點實驗室、中國科學(xué)院邊緣海與大洋地質(zhì)重點實驗室（與廣州地化所共建）、中國科學(xué)院熱帶海洋生物資源與生態(tài)重點實驗室、中國科學(xué)院應(yīng)用海洋學(xué)實驗室、中國科學(xué)院海洋微生物研究中心、中科院島礁綜合性研究中心、中國科學(xué)院中國-斯里蘭卡聯(lián)合科教中心（海外基地）以及廣東省海洋藥物重點實驗室、廣東省應(yīng)用海洋生物學(xué)重點實驗室、廣東省海洋遙感重點實驗室、海南省熱帶海洋生物技術(shù)重點實驗室與海洋環(huán)境工程中心等。擁有廣東大亞灣海洋生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學(xué)觀測研究站、海南三亞海洋生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學(xué)觀測研究站，海南西沙海洋環(huán)境國家野外科學(xué)觀測研究站、湛江海洋經(jīng)濟(jì)動物實驗站、粵東上升流區(qū)海洋生態(tài)系統(tǒng)綜合觀測研究站（汕頭海洋植物實驗站）和南沙海洋生態(tài)環(huán)境實驗站。有“實驗1”“實驗2”“實驗3”“實驗6”4艘大型海洋科學(xué)考察船和一個淡水碼頭。擁有儀器設(shè)備公共服務(wù)中心、海洋環(huán)境檢測中心、南海海洋生物標(biāo)本館和海洋信息服務(wù)中心。南海海洋所牽頭，聯(lián)合廣州能源所和華南植物園等24家研究所籌建中科院南海生態(tài)環(huán)境工程創(chuàng)新研究院；聯(lián)合自然資源部廣州海洋地質(zhì)調(diào)查局等50家單位籌建南方海洋科學(xué)與工程廣東省實驗室（廣州）。獲科技部批準(zhǔn)建設(shè)中國-斯里蘭卡熱帶海洋環(huán)境“一帶一路”聯(lián)合實驗室， 國家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施“冷泉生態(tài)系統(tǒng)研究裝置”申建工作推進(jìn)順利。
近60年來，南海海洋所共取得科研成果近800項，獲國家、中科院、部委和省市級成果獎260項，相關(guān)科技創(chuàng)新團(tuán)隊榮獲中共中央授予的“模范集體”稱號（2018年）；代表性成果有“熱帶海洋微生物新型生物酶高效轉(zhuǎn)化軟體動物功能肽的關(guān)鍵技術(shù)”、“熱帶海洋生物活性物質(zhì)的利用技術(shù)”、“南海與鄰近熱帶區(qū)域的海洋聯(lián)系及動力機(jī)制”和“南沙群島及其鄰近海區(qū)資源環(huán)境和權(quán)益綜合調(diào)查研究”等。目前主持、承擔(dān)中國科學(xué)院先導(dǎo)專項A、國家重點研發(fā)計劃項目、國家科技基礎(chǔ)資源調(diào)查專項、國家基金項目等300余項。與40多個國家和地區(qū)建立了學(xué)術(shù)聯(lián)系與合作，重點發(fā)展與歐、美、日、澳等海洋科學(xué)發(fā)達(dá)國家的合作與交流，同時加強(qiáng)與“一帶一路”、絲綢之路沿線國家的交流與合作，并在斯里蘭卡與斯方共建中國科學(xué)院中國斯里蘭卡聯(lián)合科教中心。
南海海洋所是中科院及全國海洋科研機(jī)構(gòu)首家獲得ISO9001質(zhì)量體系認(rèn)證的科研單位，擁有“工程勘察證書（海洋工程勘察綜合類甲級）”、“測繪資質(zhì)證書（乙級）”、“檢驗檢測機(jī)構(gòu)資質(zhì)認(rèn)定證書（包括檢驗檢測機(jī)構(gòu)計量認(rèn)證）”等。每年承擔(dān)技術(shù)服務(wù)、技術(shù)咨詢或院地合作項目100余項。是中國海洋學(xué)會海洋物理分會、廣東海洋湖沼學(xué)會、廣東海洋學(xué)會等的依托單位。編輯出版《熱帶海洋學(xué)報》（核心期刊）。曾獲廣東省“文明單位”和廣州市“文明單位”。
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